Organizace

Základní samostatnou jednotkou je místní sbor. Sbory však nežijí izolovaně. Bratrská jednota baptistů je společenstvím baptistických sborů na území ČR, které se dobrovolně sdružily za účelem spolupráce v dohodnutých oblastech. Nejvyšším orgánem BJB je Sjezd delegátů, který má své jednání zpravidla 1x ročně. Mezi sjezdy se schází Rada zástupců sborů. Výkonným orgánem je pětičlenný výkonný výbor, volený sjezdem na čtyřleté funkční období. Sjezd také volí revizní komisi. Pro vyřizování záležitostí BJB slouží Kancelář výkonného výboru.

BJB je členem Evropské baptistické federace i Světového svazu baptistů. Tato grémia napomáhají vzájemné informovanosti a spolupráci, nemají však charakter nadřízených orgánů.

Vzdělávání pracovníků je zajišťováno rozmanitými formami. Každoročně jsou pořádány tématické konference, přístupné pro všechny členy sborů a další zájemce. Dálkový teologický seminář slouží pro vzdělávání laických kazatelů, učitelů nedělních škol a dalších pracovníků sborů. Vyšší odborná škola sociální a teologická - Dorkas v Olomouci poskytuje tříleté vyšší odborné studium studijního oboru sociální a teologická činnost. Ke studiu se mohou hlásit ti, kteří dokazují svou víru svým životem, mají osobní vztah k Ježíši Kristu, mají odpovídající motivaci ke studiu a splňují zákonné podmínky přijetí k vyššímu odbornému studiu. Škola je otevřena pro širokou ekumenu. Zájemci o studium teologie z řad Bratrské jednoty baptistů studují také na Evangelikálním teologickém semináři v Praze, na Evangelické teologické fakultě UK, doplňují se své vzdělání na zahraničních baptistických teologických školách a podobně.