Misijní odbor sdružuje členy sborů BJB ČR, kteří mají zájem o misii. Misijní odbor slouží k rozvoji a zkvalitnění misijní práce na jednotlivých sborech BJB, zprostředkovává kontakty pro misijní práci s partnery mimo BJB ČR a také napomáhá misijní spolupráci mezi sbory BJB. Práce misijního odboru se dělí do tří oblastí: zakládání nových baptistických sborů v ČR, misii v ČR a misii v zahraničí. Činnost misijního odboru koordinuje rada misijního odboru.
Rada misijního odboru BJB
Pavel Novosad – předseda, email: p.novosad@gmail.com
Vladimír Zeman, email: vladimir.zeman@centrum.cz
David Živor, email: david@pochoden-praha.cz